Eclipse já não marca as ocorrências?

Se o seu Eclipse (IDE Java) deixou de marcar as ocorrências de uma palavra, quando faz highlight com o duplo-click, pode fazer enable desta permissão para voltar a ver as ocorrências serem assinaladas.

Assinale esta opção em:

Eclipse -> Window -> Preferences -> Java -> Editor -> Mark Occurrences

Se pretender mudar a cor das ocorrências assinaladas, faça-o em:

Eclipse -> Window -> Preferences -> General -> Editors -> Text Editors -> Annotations.
Depois escolha Occurrences na lista e por fim escolha a cor do seu lado direito.